结构化学全国重点实验室（以下简称：实验室）是在原结构化学国家重点实验室的基础上整合组建，实验室曾用名结构化学国家重点实验室，前身为著名化学家卢嘉锡院士创建的福州结构化学开放实验室，是1985年中国科学院首批建立的开放实验室之一，1992年2月经国家计委批准，开始筹建国家重点实验室，1994年10月通过国家验收，先后在1995、1999、2004、2009、2014年化学类实验室的评估中均被评为良好实验室，是我国综合实力最强的结构化学研究基地。

实验室定位为聚焦国家环境、健康等领域关键基础材料自主可控的重大需求，瞄准非共价相互作用的精准探测与精确操控的关键科学问题，发展新型化合物与材料的结构化学原理，揭示电子结构对物质结构与功能的调控机制，实现功能导向的材料组装与构筑，定向创制重要同位素小分子高效分离、肿瘤标志物精准识别及肿瘤高效诊疗等关键材料。总体目标为引领结构化学国际前沿，将实验室建成具有国际重要影响力的结构化学顶尖高端人才汇聚高地、重大原创学术成果创新策源地，整体水平国际一流。