1960年卢嘉锡院士创建研究所


1962年更名为华东物质结构研究所


1973年定名为中国科学院福建物质结构研究所


2001年进入中科院知识创新工程。


2008年评估进入中科院优秀研究所行列。


2015年设立中国科学院海西研究院